EKSTRAKSI DNA
DARI BAHAN HIDUP
(Laporan Praktikum Bioteknologi Dasar)
Oleh
Septianing Diah
Awalia 1014121047
Eko Andrianto 1014121020
Samsiyati 10141210
Posted by : Tety Maryenti
JURUSAN
AGROEKOTEKNOLOGI
FAKULTAS
PERTANIAN
UNIVERSITAS
LAMPUNG
BANDAR LAMPUNG
2011
A.
Latar
Belakang
Bioteknologi adalah mata kuliah yang membahas
mengenai gen-gen dari makhluk hidup. Gen-gen dari makhluk hidup ini terdiri
dari DNA, dan RNA. DNA (Deoxyribo Nucleic Acid) dapat diketahui melalui
ekstraksi. Dalam praktikum ini akan dibahas ekstraksi DNA dari bahan hidup.
Bahan hidup yang digunakan dapat berupa
sayur-sayuran, buah, dan bagian tubuh dari makhluk hidup seperti hati ayam. DNA
yang diperoleh dapat disimpan dalam waktu yang cukup lama dengan diberi bahan
pengawet berupa akohol 70 % dan dikeringkan pada kertas.
Langkah pertama yang harus dilakukan adalah
mengeluarkan DNA dari dalam sel. Hal ini dapat dilakukan dengan merusak dinding
sel, membran sel, dan membran inti. Usaha ini bisa dilakukan dengan cara fisik
maupun kimiawi. Cara fisik bisa dilakukan dengan kekuatan mekanis seperti
pemblenderan, penggerusan, atau peremasan dengan tangan. Sedangkan cara kimiawi
bisa dilakukan dengan cara melisiskan barier sel menggunakan senyawa-senyawa
kimia yang mampu merusak dinding dan membran sel.
B.
Tujuan
Adapun tujuan dari percobaan ini adalah untuk:
1.
Untuk mengetahui pengaruh jenis detergen
terhadap hasil isolasi DNA pada buah.
2.
Untuk mengetahui pengaruh jenis detergen
terhadap kecepatan waktu pembentukan DNA pada proses isolasi DNA.
3.
Untuk mengetahui pengaruh kandungan air
yang terdapat pada suatu buah terhadap hasil isolasi DNA.
I.
METODE PERCOBAAN
A.
Alat
dan Bahan
Alat-alat yang akan digunakan antara lain blender,
saringan, gelas beaker, gela ukur, timbangan, lidi, tabung reaksi, rak tabung
reaksi, kertas labe, penggaris, dan spidol warna berukuran kecil. Sedangkan
bahan yang digunakan bayam, hati ayam, strawbery, brokoli, air dingin,
detergen, nanas, dan garam.
B.
Cara
Kerja
Pencampuran
1.
Masukkan 84 gram (100 ml atau 1/2
cangkir) bayam, hati ayam, strawbery, atau brokoli kedalam blender.
2.
Tambahkan air dingin 20 ml (1 cangkir).
3.
Masukkan juga garam 1 gram atau 1/8
sendok teh.
4.
Kemudian bahan tersebut diblender dengan
kecepatan tinggi selama 15 detik/sampai berubah menjadi larutan.
Penyabunan
1.
Menyaring campuran tadi dengan
menuangkannya pada wadah yang ada saringannya.
2.
Tambahkan 3 ml (2 sendok makan) detergen
dan diaduk dengan perlahan.
3.
Diamkan selama 5-10 menit.
4.
Menuangkan campuran tersebut kedalam
tabung reaksi dengan volume 1/3 volume tabung reaksi.
Pemberian
Enzim
1.
Membasahi lidi dengan mencelupkan
kedalam masing-masing campuran tadi.
2.
Kemudian celupkan lidi kedalam jus nanas
sesuai dengan label.
Pemisahan
Alkohol
1.
Miringkan tabung reaksi yang berisi
campurn dan masukkan alkohol 70-90% kedalam tabung.
2.
Setelah lapisan diatas campuran
terbentuk maka gunakan sapu lidi untuk memindahkan campuran tadi keatas
alkohol.
3.
Biarkan tabung selama 30 menit atau
lebih.
4.
Mengukur tinggi dan ebar DNA yang
terbentuk.
II. PENGAMATAN DAN PEMBAHASAN
A.
Hasil Pengamatan
a.
Data
percobaan ekstraksi DNA bahan hidup
|
Kelompok
|
Bahan Ekstrak
|
Volume DNA
(luas alas x tinggi)
|
|
|
Luas alas x
tinggi
|
Cm3
|
||
|
1
|
Bayam
|
3,14x0,752x0,5
|
0,88 cm3
|
|
2
|
Bayam
|
3,14x0,752x0,7
|
1,24 cm3
|
|
3
|
Bayam
|
3,14x0,752x1
|
1,76 cm3
|
|
|
|
Jumlah
|
3,88 cm3
|
|
|
|
Rerata
|
1,29 cm3
|
|
4
|
Hati Ayam
|
3,14x0,752x2
|
3,53 cm3
|
|
5
|
Hati Ayam
|
3,14x0,752x2
|
3,53 cm3
|
|
6
|
Hati Ayam
|
3,14x0,752x1
|
1,76 cm3
|
|
|
|
Jumlah
|
8,82 cm3
|
|
|
|
Rerata
|
2,94 cm3
|
|
7
|
Strawbery
|
3,14x0,72x2
|
3,08 cm3
|
|
8
|
Strawbery
|
3,14x0,752x1,4
|
2,16 cm3
|
|
9
|
Strawbery
|
3,14x0,72x1
|
1,54 cm3
|
|
|
|
Jumlah
|
6,78 cm3
|
|
|
|
Rerata
|
2,26 cm3
|
|
10
|
Brokoli
|
3,14x0,72x0,6
|
0,92 cm3
|
|
11
|
Brokoli
|
3,14x0,752x1
|
1,77 cm3
|
|
12
|
Brokoli
|
3,14x0,752x1
|
1,77 cm3
|
|
13
|
Brokoli
|
3,14x0,652x1
|
1,32 cm3
|
|
|
|
Jumlah
|
5,78 cm3
|
|
|
|
Rerata
|
1,44 cm3
|
b.
Rerata
volume DNA
|
Bahan Ekstrak
|
Volume DNA (cm3)
|
|
Bayam
|
1,29 cm3
|
|
Hati Ayam
|
2,94 cm3
|
|
Strawbery
|
2,26 cm3
|
|
Brokoli
|
1,44 cm3
|
c.
Grafik
rerata volume DNA
 |
2,94
2,26
1,92
1,44 |
bym hti aym straw brkoli
B.
Pembahasan
Setelah kita melakukan percobaan, melihat DNA dari
ekstraksi bahan hidup. Maka dapat diketahui bahwa ekstraksi bahan hidup yang
memiiki banya kumpulan DNA adalah hati
ayam. Hati ayam memiliki rerata 2,94, dimana rerata ini sudah paling tinggi
diantara rerata yang lain.
Dari hasil isolasi DNA yang dilakukan, diketahui
bahwa jenis detergen berpenuh terhadap hasil isolasi DNA dan jenis detergen
tertentu memberikan pengaruh paling baik terhadap jenis buah tertentu pula
dengan kadar air berbeda. Dari data dapat diketahui bahwa detergen bubuk
(attack) memberikan pengaruh paling baik pada buah dengan kadar air tinggi
(semangka dan bengkoang), sedangkan detergen cair (sunlight) memberikan
pengaruh paling baik pada buah dengan kadar air sedang (pear) dan buah dengan
kadar air rendah (pepaya).
Diantara detergen bubuk, detergen Attack
menghasilkan warna yang paling baik, yaitu putih, detergen krim memberikan
warna yang kurang baik karena menyebabkan warna filtrat mendekati warna
detergen, sehingga isolasi DNA yang dihasilkan berwarna sama atau hampir sama
dengan filtrat. Sementara pada isolat yang dihasilkan dari filtrat yang
menggunakan detergen cair tidak menunjukkan adanya prespitasi DNA yang baik,
kalaupun ada, konsentrasi dan viskositasnya sangat rendah. Pernyataan Jamilah
tersebut dapat kita berikan pada isolasi DNA yang terjadi pada buah dengan
konsentrasi air tinggi.
Sedangkan untuk mengetahui fungsi detergen dalam
isolasi DNA, detergen berfungsi untuk melisiskan barier (penghalang) sel secara
kimia sebagai pengganti senyawa kimia yang mampu merusak dinding dan membran
sel antara lain lisozim yang dapat mendegesti senyawa polimerik yang
menyebabkan kekakuan sel dan etil endiamintetra asetat (EDTA) yang berfungsi
untuk menghilangkan ion Mg2+ yang penting untuk mempertahankan
keseluruhan struktur selubung sel, serta menghambat enzim-enzim seluler yang
dapat merusak.
Ditinjau dari faktor penambahan garam ke dalam
larutan detergen pada proses isolasi DNA, garam digunakan untuk melarutkan DNA,
karena ion Na+ yang dikandung oleh garam mampu memblokir (membentuk
ikatan) dengan kutub negatif fosfat DNA, yaitu kutub yang bisa menyebabkan
molekul-molekul saling tolak mnolak satu sama lain sehinggga pada saat ion Na+
membentuk ikatan dengan kutub
negatif fosfat DNA. Dari pernyataan tersebut, nampak bahwa selain digunakan
untuk menghilangkan protein dan karbohidrat dan menjaga kesetabilan pH lysing
buffer, garam juga membantu proses pemekatan DNA.
Pada saat penambahan ethanol, larutan akan tampak
terbalik untuk beberapa saat, dan pada akhirnya ethanol akan berada di bagian
atas tabung, sementara filtrat berada di bagian dasar tabung karena ethanol
memiliki densitas (kerapatan) yang lebih kecil dibandingkan air. DNA akan
tampak nyata sebagai strands (unting) putih atau suatu bahan yang kental dengan
gelembung udara yang terperangkap di dalamnya. Gelembung ini yang akan
menyebabkan DNA naik ke bagian atas larutan.
III. KESIMPULAN
Kesimpulan
yang dapat diperoleh dari percobaan diatas antara lain:
·
Pembentukan DNA dapat dilakukan dari
ekstraksi bahan hidup seperti sayuran, buah, atau pun yang lainnya.
·
DNA yang telah dibuat ternyata dapat
dismpan dalam waktu yang lama yakni dengan diberi penambahan alkohol dan
dikeringkan menggunakan kertas saring.
·
Agar DNA tadi dapat terpisah maka dapat
dipindahkan keatas campuran secara perlahan-lahan sehingga DNA yang terbentuk
akan lebih banyak.
DAFTAR
PUSTAKA
Hays, Lana. 2005. Introduction to DNA Extraction. (http://www.tsl.orst.edu.tgerc/dnaext.html, diakses 6
April 2007)
Zubaidah, Siti. 2004. Identifikasi, Variasi Genetik, Distribusi
dan Upaya Eliminasi Bakteri Penyebab CVPD (Citrus Vein Phloem Degeneration).
Malang: Program Pasca Sarjana Universitas Brawijaya
Tim Dosen Biologi FMIPA UB. Tanpa Tahun.
Teknik Analisis Protein dan DNA.
Malang: FMIPA Universitas Brawijaya
